El Hospital de Nuestra Señora de la Misericordia o de Antezana se erige sobre lo que fue la casa Palacio de don Luis de Antezana y doña Isabel de Guzmán, cedido por disposición testamentaria de 1483 para que albergase el antiguo Hospital de San Julián, fundado para pobres, enfermos, transeúntes y peregrinos. Con más de quinientos años de funcionamiento ininterrumpido es considerado como uno de los hospitales más antiguos de la Europa Occidental.
Su sobria fachada de estilo neogótico es rematada por un espectacular alero de traza mudéjar. En su interior destaca uno de los espacios más bellos de la arquitectura popular de la ciudad, un patio enmarcado por lienzos blancos y estructuras de madera. Su escalera da acceso a la planta superior donde se ubica la cocina que usó el santo durante su permanencia en el Hospital atendiendo a los enfermos y la habitación que ocupo.
El templo, del siglo XV, fue reformado en 1702. Preside su altar mayor una talla de Nuestra señora de la Misericordia. A los pies de la nave encontramos un lienzo de grandes dimensiones que evoca diferentes pasajes de la estancia de San Ignacio de Loyola en Alcalá y la Capilla de San Ignacio, decorada con pinturas al fresco en la cúpula realizadas en el siglo XVII y un lienzo con la efigie del fundador de la Compañía de Jesús en el altar.