En el interior, nos encontramos con la iglesia, de una sola nave y planta salón, realizada por el arquitecto Pedro Gumiel entre 1510 y 1516. Sorprende la combinación estética de los artesonados de estilo mudéjar, en contraste con las yeserías de los muros. El presbiterio está cubierto por un artesonado ochavado de madera policromada. Sobre las yeserías un friso de pintura mural a base de arcos entrelazados y sobre él, el cordón franciscano qque recorre los muros. En el presbiterio se levanta el mausoleo del Cardenal Cisneros, excelente ejemplar de la escultura funeraria renacentista en nuestro país. Trazado por Doménico Fancelli fue labrado en mármol de Carrara por Bartolomé Ordoñez y sus discípulos en 1521. Especial atención merecen las figuras de las esquinas que representan a los cuatro Padres de la Iglesia, de un exquisito clasicismo, así como la figura yacente de Cisneros.
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