El año 1449, el Arzobispo Carrillo traslada a esta ermita la Parroquia de Santa María la Mayor y diez años después la dota de “torre y campanas”.
En 1553 se inició la construcción de lo que debería haber sido un templo mucho mayor, tirando en parte la ermita. Pero el proyecto no llego a terminarse en toda su extensión.
Será en los primeros años del siglo XIX cuando se levanta la torre que cambió el chapitel y restauró la escalera, ya en el siglo XX, tras un incendio fortuito. 109 escalones y 34 metros nos conducen por la vida y las obras del insigne Miguel de Cervantes.
Las dos grandes torres con que cuenta Alcalá serían esta de la antigua iglesia de Santa María la Mayor con 36mtrs de altura, y la de la Catedral Magistral con 62,05mtrs de altura permitiendo el acceso a las mismas conocer la ciudad a vista de pájaro.